Différents panneaux expliquent, en anglais et en hébreu, les différentes coutumes de cette communauté qui ne suit que la Torah écrite et pas, comme le reste des Juifs, la Torah  orale – les explications et commentaires contenus dans la Mishna, le Talmud et le Midrash. C’est ce qui fait leur particularité jusqu’à aujourd’hui. Les karaïtes sont installés à Jérusalem depuis le 8ème siècle de notre ère. C’est d’ailleurs toujours ici, dans le musée même, que se trouve la plus ancienne synagogue karaïte toujours en fonction.

Pour les Karaïtes, la Torah écrite, celle donnée à Moïse au Mont Sinaï, est la seule source qui dicte les règles à suivre. De ce fait, la fête de Hanouka n’existe pas pour eux et ils ne la fêtent donc pas, puisqu’elle n’est pas mentionnée dans la Torah. De même, il existe une égalité entre l’homme et la femme vis à vis de la pratique religieuse et cette dernière peut donc sans problème diriger une prière, lire dans la Torah, pratiquer la circoncision ou donner son avis halahique. D’ailleurs il est intéressant de voir que jusqu’à aujourd’hui, la mariée signe la ketubah, l’acte de mariage, au même titre que son futur époux.

La tradition karaïte est fondée sur 3 principes :
* l’écriture, celle de la Torah,
* l’analogie, le fait que chacun est libre de l’interprétation de ce qui est écrit
* la tradition

Par exemple, les Karaïtes n’allument pas de bougies de chabat. Jusqu’au 15ème siècle, ils passaient chabbat dans le noir, puisqu’il est écrit qu’on ne doit pas allumer de feu. Encore aujourd’hui, certains ne réchauffent pas de plats durant chabat, n’utilisent pas de chauffage durant l’hiver et ne s’éclairent qu’avec des lampes led sur batterie. 

La détermination du calendrier est également différente pour les Karaïtes. En effet, ils n’ont pas de calendrier pré-établi comme il en existe un dans le reste de la communauté juive. Ils ne déclarent le nouveau mois qu’une fois que l’un d’eux témoigne d’avoir vu, de ses yeux, la nouvelle lune. Le début de l’année est elle déterminée directement en observant le dégré de maturation du blé. Le compte de l’Omer – les 49 jours qui séparent les fêtes de Pessah et de Shavouot – est également différent. Le compte des jours ne commence qu’après le 1er chabat suivant la fête de Pessah, ce qui fait que Shavouot est toujours célébré un dimanche chez les Karaïtes.

Une autre différence est observée dans la manière de prier. Comme on peut le voir dans la Synagogue qui se trouve au 2ème niveau, il n’y a pas de chaises. Les sols sont recouverts de tapis. Comme cela se faisait chez tous les Juifs avant le 9ème siècle, les Karaïtes prient pieds nus et en s’agenouillant. Ce rite, qui ressemble fort à celui des musulmans, a été abandonné par les autorités religieuses au 9ème siècle, mais persiste encore chez les Karaïtes.